作为世界上最早的自由港之一，1888年建立的汉堡自由港曾经是世界上最大的咖啡、可可、香料和地毯的转运地之一。1895年基尔运河的凿通连接了北海与波罗的海，更进一步提高了汉堡港的吸引力。1910年后，汉堡自由港再度扩张，原先以发展转口贸易为主，后来逐渐拓展到综合贸易，主要功能囊括了货物中转、仓储、流通、加工和船舶建造。

　　然而，随着欧洲统一市场的不断完善，欧盟内部大部分货物实现了免税流通，欧盟形成单一市场。欧盟内部统一关税，关税大幅下降，使自由贸易区的关税减免作用降低。欧盟《里斯本条约》在2009年开始实施，所有进入自由贸易区的货物在离港前24小时内都要进行登记，同时受到海关监管的保税仓库同样具有保税功能，这使得转口贸易的企业无需依靠自由港就可以在海关保税仓库里实现保税。

　　2013年1月1日，围绕汉堡自由贸易区的围栏全部拆除，9个进出关口全部取消，汉堡结束了它124年的自由贸易区的历史，变成了欧盟海关的港口之一。