日本航线是太仓港精耕细作的一条近洋精品航线。今年以来，太仓港集装箱海运公司每月对日出口标箱达到1万只，出口装载率100%，5月份的吞吐量达到2.4万标箱。由于出口集装箱出现爆仓，公司已将一艘装载量400标箱的班轮升级为600标箱，并计划在年内完成全部四艘班轮的升级。

    目前，太仓港日本航线已经实现平均每天一班船，目的地覆盖日本主要基本港口。早在2009年，重庆海运公司就在太仓港开出了第一条对日航线，但由于市场经验不足，2010年又受到金融危机影响，面临着撤线的窘迫局面。2011年7月，太仓港港口管委会投资5亿元成立了太仓港集装箱海运公司，并分别在苏州工业园区、高新区和昆山设立了三个服务中心。

    太仓港将计划在中日之间尝试国际海陆联运项目，即通过甩挂运输的方式，将挂车直接装入滚装船，到达目的港后，再由牵引车运至目的地。