近年来，湖州港努力深化与上海港、宁波-舟山港等大型国际型港口的合作对接，打通“外出海、内联通”的国际国内水路贸易大通道。今年1-10月份已完成集装箱吞吐量13.9万标箱，全年有望突破16万标箱，同比2014年增长32.2%，为2013年的两倍；全市共建设集装箱码头3个，开通安吉-上海、长兴-乍浦-宁波及南浔-上海3条集装箱运输线路，德清多功能港区预计今年底投入营运，集装箱码头吞吐能力设计20万标箱，增加集装箱运输线路1条。

　　一是推进通关一体化。目前安吉已设立湖州海关驻安吉办事处，具备“安吉报关、安吉查验、安吉放行、安吉退单”的海关检验检疫监管功能，与上海港合作实行跨关区“属地申报、口岸验放”通关模式，此外，“水水中转”的内河起运港新模式也在日趋成熟。

　　二是与上海港的深度合作。双方在“两港一航”合作协议的基础上进一步推进合作，上港集团重新启用上海共青码头，专门开设了5200平方米的安吉进出口货物堆放区，可存放432个标箱。

　　三是建立区域协调机制。10月，嘉兴内河国际集装箱码头有限公司、嘉兴市乍浦港口经营有限公司、安吉上港国际港务有限公司、绍兴港现代物流有限公司、杭州东洲综合码头建设有限公司、浙江长兴捷通物流有限公司6家港口企业的负责人在浙江海河联盟合作协议书上正式签字，标志着浙江省海河港口联盟建设进入实质性运作。